RHEL7 R-3.3.1 install

install環境

install環境

Red Hat Enterprise Linux Server release 7.2 (Maipo)

gcc バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)

gfortran バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)

ダウンロード・展開

The Comprehensive R Archive Network

Install対象 : R-3.3.1

Install手順

ソースファイルをダウンロード

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.3.1.tar.gz

ダウンロードしたファイルを展開

tar xvfp R-3.3.1.tar.gz

コンパイル・インストール

cd R-3.3.1

./configure –prefix=/usr/local/R/3.3.1 –enable-R-shlib

make

make install

Configure,コンパイル時エラー

zlibのヘッダファイルがない

checking for inflateInit2_ in -lz… no

checking whether zlib support suffices… configure: error: zlib library and headers are required

パッケージの追加Installで回避

yum install zlib-devel

bzip2のヘッダファイルがない

checking for BZ2_bzlibVersion in -lbz2… no

checking whether bzip2 support suffices… configure: error: bzip2 library and headers are required

パッケージの追加Installで回避


yum install bzip2-devel

xzのヘッダファイルがない

checking for lzma_version_number in -llzma… no

configure: error: “liblzma library and headers are required”

パッケージの追加Installで回避


yum install xz-devel

pcreのヘッダファイルがない

checking for pcre_fullinfo in -lpcre… no

checking whether PCRE support suffices… configure: error: pcre >= 8.10 library and headers are required

パッケージの追加Installで回避


yum install pcre-devel

curlのヘッダファイルがない

checking for curl/curl.h… no

configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https

パッケージの追加Installで回避


yum install libcurl-devel

readlineのヘッダファイルがない

configure: error: –with-readline=yes (default) and headers/libs are not available

パッケージの追加Installで回避


yum install readline-devel

X11のヘッダファイルがない

checking for ICU… no

checking for X… no

configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

パッケージの追加Installで回避


yum install libX11-devel
yum install libXt-devel

Configureの最後のWARNING 1

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

パッケージの追加Installで回避


yum install texlive
yum install texinfo

Configureの最後のWARNING 2

configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

追加のパッケージファイルを取得


wget https://rpmfind.net/linux/fedora/linux/updates/testing/29/Everything/x86_64/Packages/t/texlive-inconsolata-svn46319-20.fc29.noarch.rpm

追加のパッケージファイルをインストール


rpm -Uvh texlive-inconsolata-svn46319-20.fc29.noarch.rpm

追加されたTeX関連ファイルの一覧表を更新作業


mktexlsr

関連ファイルが認識されたか確認


kpsewhich inconsolata.sty

jni.h: そのようなファイルやディレクトリはありません

gcc -std=gnu99 -I/usr/local/src/R-3.3.1/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o

conftest.c:1:17: 致命的エラー: jni.h: そのようなファイルやディレクトリはありません

パッケージの追加Installで回避


yum install java-1.8.0-openjdk-devel

インストール・ログ

[bash auto-linkss=”false” gutter=”false” lighte=”true” collapse=”false”]
#
#./configure –prefix=/usr/local/R/3.3.1 –enable-R-shlib
checking build system type… x86_64-pc-linux-gnu
checking host system type… x86_64-pc-linux-gnu
loading site script ‘./config.site’
loading build-specific script ‘./config.site’
checking for pwd… /bin/pwd
checking whether builddir is srcdir… yes
checking for working aclocal… found
checking for working autoconf… found
checking for working automake… found
checking for working autoheader… found
checking whether ln -s works… yes
checking for bison… bison -y
checking for ar… ar
checking for a BSD-compatible install… /bin/install -c
checking for sed… /bin/sed
checking for which… /bin/which
checking for less… /bin/less
checking for gtar… /bin/gtar
checking for tex… /bin/tex
checking for pdftex… /bin/pdftex
checking for pdflatex… /bin/pdflatex
checking for makeindex… /bin/makeindex
checking for texi2any… /bin/texi2any


config.status: creating src/scripts/pager
config.status: creating src/scripts/rtags
config.status: creating src/unix/Makefile
config.status: creating tests/Makefile
config.status: creating tests/Embedding/Makefile
config.status: creating tests/Examples/Makefile
config.status: creating tools/Makefile
config.status: creating src/include/config.h
config.status: executing libtool commands
config.status: executing stamp-h commands

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

Source directory: .
Installation directory: /usr/local/R/3.3.1

C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2
Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2

C++ compiler: g++ -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=c++11 -g -O2
Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:

Interfaces supported: X11
External libraries: readline, curl
Additional capabilities: NLS
Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling

Capabilities skipped: PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU
Options not enabled: memory profiling

Recommended packages: yes

#
#
#
#make
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4′ に入ります
make[1]: `R’ に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4′ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools’ に入ります
make[1]: `R’ に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc’ に入ります
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html’ に入ります
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html’ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual’ に入ります
make[2]: `R’ に対して行うべき事はありません.
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc’ に入ります
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/share’ に入ります
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/share’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src’ に入ります
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts’ に入ります
creating src/scripts/R.fe
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts’ に入ります
mkdir -p — ../../bin
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts’ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts’ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/include’ に入ります
mkdir -p — ../../include



make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1′ に入ります
configuring Java …
Java interpreter : /bin/java
Java version : 1.8.0_65
Java home path : /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre
Java compiler : /bin/javac
Java headers gen.: /bin/javah
Java archive tool: /bin/jar

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
make[2]: ディレクトリ `/tmp/Rjavareconf.UG78P7′ に入ります
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/src/R-3.3.1/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/../include/linux -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/src/R-3.3.1/lib -L/usr/local/lib64 -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/local/src/R-3.3.1/lib -lR
make[2]: ディレクトリ `/tmp/Rjavareconf.UG78P7′ から出ます

JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/local/src/R-3.3.1
Done.

make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1′ から出ます
#
#
#make install
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4′ に入ります
make[1]: `install’ に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4′ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools’ に入ります
make[1]: `install’ に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc’ に入ります
installing doc …
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/share/man/man1
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html’ に入ります
installing doc/html …
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/html
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html’ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual’ に入ります
installing doc/manual …
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/manual
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/manual/images
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc’ に入ります
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/etc
installing etc …



mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/bin/exec
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main’ に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main’ から出ます
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main’ に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main’ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main’ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules’ に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/internet’ に入ります
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/modules
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/internet’ から出ます
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/lapack’ に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/lapack’ から出ます
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/X11′ に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/X11′ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules’ から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library’ に入ります
mkdir -p — /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/library
installing packages …
building HTML index …
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src’ から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tests’ に入ります
make[1]: `install’ に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tests’ から出ます
#
#
#
#
#/usr/local/R/3.3.1/bin/R

R version 3.3.1 (2016-06-21) — "Bug in Your Hair"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

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>
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[/bash]

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