install環境
Red Hat Enterprise Linux Server release 7.2 (Maipo)
gcc バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)
gfortran バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)
ダウンロード・展開
The Comprehensive R Archive Network
Install対象 : R-3.3.1
Install手順
wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.3.1.tar.gz
tar xvfp R-3.3.1.tar.gz
cd R-3.3.1
./configure –prefix=/usr/local/R/3.3.1 –enable-R-shlib
make
make install
Configure,コンパイル時エラー
checking for inflateInit2_ in -lz… no
checking whether zlib support suffices… configure: error: zlib library and headers are required
パッケージの追加Installで回避
yum install zlib-devel
checking for BZ2_bzlibVersion in -lbz2… no
checking whether bzip2 support suffices… configure: error: bzip2 library and headers are required
パッケージの追加Installで回避
yum install bzip2-devel
checking for lzma_version_number in -llzma… no
configure: error: “liblzma library and headers are required”
パッケージの追加Installで回避
yum install xz-devel
checking for pcre_fullinfo in -lpcre… no
checking whether PCRE support suffices… configure: error: pcre >= 8.10 library and headers are required
パッケージの追加Installで回避
yum install pcre-devel
checking for curl/curl.h… no
configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https
パッケージの追加Installで回避
yum install libcurl-devel
configure: error: –with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
パッケージの追加Installで回避
yum install readline-devel
checking for ICU… no
checking for X… no
configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available
パッケージの追加Installで回避
yum install libX11-devel
yum install libXt-devel
configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals
configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages
パッケージの追加Installで回避
yum install texlive
yum install texinfo
configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally
追加のパッケージファイルを取得
wget https://rpmfind.net/linux/fedora/linux/updates/testing/29/Everything/x86_64/Packages/t/texlive-inconsolata-svn46319-20.fc29.noarch.rpm
追加のパッケージファイルをインストール
rpm -Uvh texlive-inconsolata-svn46319-20.fc29.noarch.rpm
追加されたTeX関連ファイルの一覧表を更新作業
mktexlsr
関連ファイルが認識されたか確認
kpsewhich inconsolata.sty
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/src/R-3.3.1/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: 致命的エラー: jni.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
パッケージの追加Installで回避
yum install java-1.8.0-openjdk-devel
インストール・ログ
# #./configure --prefix=/usr/local/R/3.3.1 --enable-R-shlib checking build system type... x86_64-pc-linux-gnu checking host system type... x86_64-pc-linux-gnu loading site script './config.site' loading build-specific script './config.site' checking for pwd... /bin/pwd checking whether builddir is srcdir... yes checking for working aclocal... found checking for working autoconf... found checking for working automake... found checking for working autoheader... found checking whether ln -s works... yes checking for bison... bison -y checking for ar... ar checking for a BSD-compatible install... /bin/install -c checking for sed... /bin/sed checking for which... /bin/which checking for less... /bin/less checking for gtar... /bin/gtar checking for tex... /bin/tex checking for pdftex... /bin/pdftex checking for pdflatex... /bin/pdflatex checking for makeindex... /bin/makeindex checking for texi2any... /bin/texi2any ・ ・ ・ config.status: creating src/scripts/pager config.status: creating src/scripts/rtags config.status: creating src/unix/Makefile config.status: creating tests/Makefile config.status: creating tests/Embedding/Makefile config.status: creating tests/Examples/Makefile config.status: creating tools/Makefile config.status: creating src/include/config.h config.status: executing libtool commands config.status: executing stamp-h commands R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu Source directory: . Installation directory: /usr/local/R/3.3.1 C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2 Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2 C++ compiler: g++ -g -O2 C++11 compiler: g++ -std=c++11 -g -O2 Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2 Obj-C compiler: Interfaces supported: X11 External libraries: readline, curl Additional capabilities: NLS Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling Capabilities skipped: PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU Options not enabled: memory profiling Recommended packages: yes # # # #make make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' に入ります make[1]: `R' に対して行うべき事はありません. make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' に入ります make[1]: `R' に対して行うべき事はありません. make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' に入ります make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' に入ります make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' に入ります make[2]: `R' に対して行うべき事はありません. make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc' に入ります make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/share' に入ります make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/share' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src' に入ります make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' に入ります creating src/scripts/R.fe make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' に入ります mkdir -p -- ../../bin make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/include' に入ります mkdir -p -- ../../include ・ ・ ・ make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1' に入ります configuring Java ... Java interpreter : /bin/java Java version : 1.8.0_65 Java home path : /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre Java compiler : /bin/javac Java headers gen.: /bin/javah Java archive tool: /bin/jar trying to compile and link a JNI program detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm make[2]: ディレクトリ `/tmp/Rjavareconf.UG78P7' に入ります gcc -std=gnu99 -I/usr/local/src/R-3.3.1/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/../include/linux -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/src/R-3.3.1/lib -L/usr/local/lib64 -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/local/src/R-3.3.1/lib -lR make[2]: ディレクトリ `/tmp/Rjavareconf.UG78P7' から出ます JAVA_HOME : /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm Updating Java configuration in /usr/local/src/R-3.3.1 Done. make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1' から出ます # # #make install mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' に入ります make[1]: `install' に対して行うべき事はありません. make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' に入ります make[1]: `install' に対して行うべき事はありません. make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' に入ります installing doc ... mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/share/man/man1 make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' に入ります installing doc/html ... mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/html make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' に入ります installing doc/manual ... mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/manual mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/manual/images make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc' に入ります mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/etc installing etc ... ・ ・ ・ mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/bin/exec make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' に入ります make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' から出ます make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' に入ります make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules' に入ります make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/internet' に入ります mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/modules make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/internet' から出ます make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/lapack' に入ります make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/lapack' から出ます make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/X11' に入ります make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/X11' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules' から出ます make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library' に入ります mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/library installing packages ... building HTML index ... make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src' から出ます make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tests' に入ります make[1]: `install' に対して行うべき事はありません. make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tests' から出ます # # # # #/usr/local/R/3.3.1/bin/R R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair" Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 詳しくは 'contributors()' と入力してください。 また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については 'citation()' と入力してください。 'demo()' と入力すればデモをみることができます。 'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 'q()' と入力すれば R を終了します。 > >