RHEL7 R-3.3.1 install

install環境

install環境

Red Hat Enterprise Linux Server release 7.2 (Maipo)

gcc バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)

gfortran バージョン 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4) (GCC)

ダウンロード・展開

The Comprehensive R Archive Network
Install対象 : R-3.3.1

Install手順

ソースファイルをダウンロード

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.3.1.tar.gz

ダウンロードしたファイルを展開

tar xvfp R-3.3.1.tar.gz

コンパイル・インストール

cd R-3.3.1

./configure –prefix=/usr/local/R/3.3.1 –enable-R-shlib

make

make install

Configure,コンパイル時エラー

zlibのヘッダファイルがない

checking for inflateInit2_ in -lz… no

checking whether zlib support suffices… configure: error: zlib library and headers are required


パッケージの追加Installで回避

yum install zlib-devel

bzip2のヘッダファイルがない

checking for BZ2_bzlibVersion in -lbz2… no

checking whether bzip2 support suffices… configure: error: bzip2 library and headers are required


パッケージの追加Installで回避

yum install bzip2-devel

xzのヘッダファイルがない

checking for lzma_version_number in -llzma… no

configure: error: “liblzma library and headers are required”


パッケージの追加Installで回避

yum install xz-devel

pcreのヘッダファイルがない

checking for pcre_fullinfo in -lpcre… no

checking whether PCRE support suffices… configure: error: pcre >= 8.10 library and headers are required


パッケージの追加Installで回避

yum install pcre-devel

curlのヘッダファイルがない

checking for curl/curl.h… no

configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https


パッケージの追加Installで回避

yum install libcurl-devel

readlineのヘッダファイルがない

configure: error: –with-readline=yes (default) and headers/libs are not available


パッケージの追加Installで回避

yum install readline-devel

X11のヘッダファイルがない

checking for ICU… no

checking for X… no

configure: error: –with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available


パッケージの追加Installで回避

yum install libX11-devel
yum install libXt-devel

Configureの最後のWARNING 1

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages


パッケージの追加Installで回避

yum install texlive
yum install texinfo

Configureの最後のWARNING 2

configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally


追加のパッケージファイルを取得

wget https://rpmfind.net/linux/fedora/linux/updates/testing/29/Everything/x86_64/Packages/t/texlive-inconsolata-svn46319-20.fc29.noarch.rpm


追加のパッケージファイルをインストール

rpm -Uvh texlive-inconsolata-svn46319-20.fc29.noarch.rpm



追加されたTeX関連ファイルの一覧表を更新作業

mktexlsr


関連ファイルが認識されたか確認

kpsewhich inconsolata.sty

jni.h: そのようなファイルやディレクトリはありません

gcc -std=gnu99 -I/usr/local/src/R-3.3.1/include -DNDEBUG -I/usr/local/include -fpic -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o

conftest.c:1:17: 致命的エラー: jni.h: そのようなファイルやディレクトリはありません


パッケージの追加Installで回避

yum install java-1.8.0-openjdk-devel

インストール・ログ

#
#./configure --prefix=/usr/local/R/3.3.1 --enable-R-shlib
checking build system type... x86_64-pc-linux-gnu
checking host system type... x86_64-pc-linux-gnu
loading site script './config.site'
loading build-specific script './config.site'
checking for pwd... /bin/pwd
checking whether builddir is srcdir... yes
checking for working aclocal... found
checking for working autoconf... found
checking for working automake... found
checking for working autoheader... found
checking whether ln -s works... yes
checking for bison... bison -y
checking for ar... ar
checking for a BSD-compatible install... /bin/install -c
checking for sed... /bin/sed
checking for which... /bin/which
checking for less... /bin/less
checking for gtar... /bin/gtar
checking for tex... /bin/tex
checking for pdftex... /bin/pdftex
checking for pdflatex... /bin/pdflatex
checking for makeindex... /bin/makeindex
checking for texi2any... /bin/texi2any
・
・
・

config.status: creating src/scripts/pager
config.status: creating src/scripts/rtags
config.status: creating src/unix/Makefile
config.status: creating tests/Makefile
config.status: creating tests/Embedding/Makefile
config.status: creating tests/Examples/Makefile
config.status: creating tools/Makefile
config.status: creating src/include/config.h
config.status: executing libtool commands
config.status: executing stamp-h commands

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    /usr/local/R/3.3.1

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++11 compiler:            g++  -std=c++11 -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:             

  Interfaces supported:      X11
  External libraries:        readline, curl
  Additional capabilities:   NLS
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      PNG, JPEG, TIFF, cairo, ICU
  Options not enabled:       memory profiling

  Recommended packages:      yes

#
#
#
#make
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' に入ります
make[1]: `R' に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' に入ります
make[1]: `R' に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' に入ります
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' に入ります
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' に入ります
make[2]: `R' に対して行うべき事はありません.
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc' に入ります
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/share' に入ります
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/share' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src' に入ります
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' に入ります
creating src/scripts/R.fe
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' に入ります
mkdir -p -- ../../bin
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/scripts' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/include' に入ります
mkdir -p -- ../../include
・
・
・
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1' に入ります
configuring Java ...
Java interpreter : /bin/java
Java version     : 1.8.0_65
Java home path   : /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre
Java compiler    : /bin/javac
Java headers gen.: /bin/javah
Java archive tool: /bin/jar

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
make[2]: ディレクトリ `/tmp/Rjavareconf.UG78P7' に入ります
gcc -std=gnu99 -I/usr/local/src/R-3.3.1/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/../include/linux -I/usr/local/include    -fpic  -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/local/src/R-3.3.1/lib -L/usr/local/lib64 -o conftest.so conftest.o -L/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre/lib/amd64/server -ljvm -L/usr/local/src/R-3.3.1/lib -lR
make[2]: ディレクトリ `/tmp/Rjavareconf.UG78P7' から出ます


JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.65-3.b17.el7.x86_64/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/amd64/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/linux
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/amd64/server -ljvm
Updating Java configuration in /usr/local/src/R-3.3.1
Done.

make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1' から出ます
#
#
#make install
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' に入ります
make[1]: `install' に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/m4' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' に入ります
make[1]: `install' に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tools' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' に入ります
installing doc ...
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/share/man/man1
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' に入ります
installing doc/html ...
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/html
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/html' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' に入ります
installing doc/manual ...
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/manual
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/doc/manual/images
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc/manual' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/doc' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/etc' に入ります
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/etc
installing etc ...
・
・
・
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/bin/exec
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' から出ます
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/main' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules' に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/internet' に入ります
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/modules
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/internet' から出ます
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/lapack' に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/lapack' から出ます
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/X11' に入ります
make[3]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules/X11' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/modules' から出ます
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library' に入ります
mkdir -p -- /usr/local/R/3.3.1/lib64/R/library
installing packages ...
  building HTML index ...
make[2]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src/library' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/src' から出ます
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tests' に入ります
make[1]: `install' に対して行うべき事はありません.
make[1]: ディレクトリ `/usr/local/src/R-3.3.1/tests' から出ます
#
#
#
#
#/usr/local/R/3.3.1/bin/R

R version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
Copyright (C) 2016 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

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